Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 865,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 865,624 | 0 | A | T | 100.0% | 687.1 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 865,625 | 0 | G | C | 99.0% | 673.7 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/137); minor base A (1/2); total (147/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,626 | 0 | T | A | 99.3% | 673.9 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (147/137); minor base C (0/2); total (147/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGC‑‑GCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTA‑CCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGG > CP042583/865349‑865905 ||| gCACGACTACAGGTACACCGGTTTTATTGTATAACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCGGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTggcgt < 2:1617681/289‑1 (MQ=255) 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aTTAAGACGTCACGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGC‑‑GCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTA‑CCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGAt > 1:1025871/1‑289 (MQ=255) ||| GCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGC‑‑GCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTA‑CCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGG > CP042583/865349‑865905 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |