| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 866,479 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 866,479 | 0 | A | T | 99.6% | 572.4 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/108); minor base C (1/0); total (135/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 866,480 | 0 | G | C | 99.2% | 573.6 / ‑4.9 | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/107); minor base T (1/1); total (135/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 866,481 | 0 | C | G | 99.2% | 572.2 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (135/105); minor base T (0/2); total (135/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCC‑GGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGAAGCTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAT‑GTCAGCCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAT‑GTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGAT‑GATGCGAAGATATTGATTCCG > CP042583/866201‑866760 ||| cAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCC‑GGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGt > 1:1371772/1‑289 (MQ=255) 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gTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAT‑GTCCCGTTGCAACGTTTTTTTAATGGGATTTATGGCCCGGAGAAATCTTACACAATTAATTTGAAGGATTGCGGACAAAATGTAACAACGTTTGACGTAACCTTTTAAGAAACCCCCACCGGAGTG‑AGAGCGGAATAGTGTTCAATTGAAAGTGGTCCGGCTGCAGCCACCGGGCGGGC‑ATTTCGATTTTGGGTGGATGCGAAgttgt > 2:1327748/1‑285 (MQ=255) aaCATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAT‑GTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAT‑GTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGAT‑GATGCGAAGATATTGa < 2:1547559/289‑1 (MQ=255) aCATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAT‑GTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAT‑GTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGAT‑GATGCGAAGATATTGAt > 2:376286/1‑289 (MQ=255) aCATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAT‑GTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAT‑GTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGAT‑GATGCGAAGATATTGAt < 1:1032323/289‑1 (MQ=255) ||| GCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCC‑GGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGAAGCTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGAT‑GTCAGCCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAT‑GTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGAT‑GATGCGAAGATATTGATTCCG > CP042583/866201‑866760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |