Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 868,651 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 868,651 | 0 | A | T | 99.2% | 620.3 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (102/156); minor base C (2/0); total (105/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,652 | 0 | G | C | 99.6% | 616.0 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (105/155); total (105/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,653 | 0 | T | A | 99.2% | 609.3 / ‑3.4 | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (103/154); minor base C (1/1); total (105/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGT > CP042583/868373‑868928 ||| ttCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTAt < 2:1121360/289‑1 (MQ=255) cTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTc < 2:403131/289‑1 (MQ=255) agaaTTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGtttt < 2:174084/289‑1 (MQ=255) gaaTTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGt > 1:5727/1‑285 (MQ=255) 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tGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAAc < 2:912083/289‑1 (MQ=255) tgctgcGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTAtagggt > 1:356564/1‑248 (MQ=255) tgcGGGTGCCTCACTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGt < 1:1651792/288‑1 (MQ=255) ||| CGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGT > CP042583/868373‑868928 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |