| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 876,043 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 876,043 | 0 | A | T | 99.6% | 576.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (114/132); total (116/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 876,044 | 0 | G | C | 99.6% | 571.2 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (113/133); total (116/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 876,045 | 0 | C | G | 100.0% | 588.3 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (116/133); total (116/133) | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TTTGCCCATCATGGTGACGGATTTATTAGGCAGCAAGATGCCGAGCACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGAGCATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCAGCGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGAGCTGGGATCGTCAACCTGAAAGTGAGCATGAGGAGTCCTGACAGTATGGAATCTAATAATGGGGAAGCCAAAATCCAGAAAGTGAAGAACTGGTCTCCCGTGTGGATATTTCCTATCGTCACGGCGCTCATTGGGGCCTGGGTTCTTTTTTATCATTACAG > CP042583/875763‑876321 ||| tttGCCCATCATGGTGACGGATTTATTAGGCTCGAAGATGCCGTCGACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTg < 1:1051827/289‑1 (MQ=255) tGCCCATCATGGTGACGGATTTATTAGGCTCGAAGATGCCGTCGACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTTTCGGCGCTGGt > 2:1312589/1‑289 (MQ=255) tGCCCATCATGGTGACGGATTTATTAGGCTCGAAGATGCCGTCGACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGt < 1:1312589/289‑1 (MQ=255) tGACGGATTTATTAGGCTCGAAGATGCCGTCGACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTAGGAAGTTGTTGAGGTTGTAGGCCGCTGGTCGGTGGATGAAGTTTTCGTTATTGTGGTGTTCTCGGGGCTGGGGCGtgttggggg > 2:1244044/1‑281 (MQ=255) 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ctcgaaGATGCCGTCGACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGGATGGGAGGTTTAATGAGTATTTAt > 1:414257/5‑289 (MQ=255) aaGATGCCGTCGCCGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCTCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGCTGCCAAAGGGAATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTCGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGATTTAGTTATCGCGGTGCTTTCGGCGCTGGTGCGTATGGGTGGTTTAATGAGTATTTATCCg > 1:1281350/1‑288 (MQ=255) ccttcgaccaTTCTCGCTGGGGTGATTCTGTTATGGAGCTAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGGGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAAt < 2:102092/278‑1 (MQ=255) 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aaGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCTGCAATGGGTGCAGTAAGGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGAAAATGtt > 2:1869438/1‑289 (MQ=255) agcgcGTAGCTGCGGTGATCTTTTGGGCCGGTATTAGGGTGCCAACGTTACAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTTGTATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTTAAAGAATGCATTTGATGTATGAAGTTGTTGGGTGTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGTGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTAt < 2:76061/285‑1 (MQ=255) cGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGAGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCAGTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACg > 1:799286/1‑289 (MQ=255) 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gattgtgtgggCCAGTTTTAGGGTGCCAACGTTAAAGGTGTTCGCCAGCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGt < 2:1594540/280‑1 (MQ=255) gATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGt < 1:703527/289‑1 (MQ=255) gATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGt < 1:525659/289‑1 (MQ=255) 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ccAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaa > 1:389298/1‑288 (MQ=255) cAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaat < 2:624315/288‑2 (MQ=255) aaaGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCGGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGAATCAGAGCAt > 2:762171/1‑289 (MQ=255) 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TTTGCCCATCATGGTGACGGATTTATTAGGCAGCAAGATGCCGAGCACGATTCTCGCTGGGGTCATTCTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGGCCAGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGAGCATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCAGCGCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGAGCTGGGATCGTCAACCTGAAAGTGAGCATGAGGAGTCCTGACAGTATGGAATCTAATAATGGGGAAGCCAAAATCCAGAAAGTGAAGAACTGGTCTCCCGTGTGGATATTTCCTATCGTCACGGCGCTCATTGGGGCCTGGGTTCTTTTTTATCATTACAG > CP042583/875763‑876321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |