| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 877,316 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 877,316 | 0 | A | T | 99.7% | 693.4 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 877,317 | 0 | G | C | 99.0% | 698.0 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (143/148); minor base T (3/0); total (148/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 877,318 | 0 | C | G | 100.0% | 700.1 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (148/149); total (148/149) | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TCAGGATAGCTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATAGCGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGAAGCCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACAAGAT > CP042583/877036‑877596 ||| tCAGGATTCGTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATTCGGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGaaa > 2:583471/1‑289 (MQ=255) 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gTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACaa > 1:938344/1‑289 (MQ=255) gTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACAGTTAGCGGCGGCATGGCGCAAATCCAGCCACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCCCAATGAAACACCTGAAAACGACGCTGGATAGCATGAACaa > 2:1333572/1‑289 (MQ=255) ||| TCAGGATAGCTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATAGCGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGAAGCCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACAAGAT > CP042583/877036‑877596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |