Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 894,365 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 894,366 | 0 | C | G | 99.5% | 459.3 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (97/97); total (98/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 894,367 | 0 | T | A | 100.0% | 466.0 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (98/98); total (98/98) |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CGATTACGTCACCCATTCCGGCAGACAGATAGGTGTTCAGAATAGGTCCGAGGATATAACCCAGAAAACCGGTAAAGGCGAATGCGGAGATAATCCCGGTCGGCTTATTCGCCGTTTTATAGGTCAGGAACATCAAACCATACATACCCACCAGCGTCAGAATCAGACCCGGAGATGGCAGCATCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCGCTAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGGTGCTAAGCAGACTTGTACGGTCATGACTAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTT > CP042583/894085‑894645 ||| cGATTACGTCACCCATTCCGGCAGACAGATAGGTGTTCAGAATAGGTCCGAGGATATAACCCAGAAAACCGGTAAAGGCGAATGCGGAGATAATCCCGGTCGGCTTATTCGCCGTTTTATAGGTCAGGAACATCAAACCATACATACCCACCAGCGTCAGAATCAGACCCGGAGATGGCAGCATCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGGTGCTAAGCAGTGATGTACg > 2:1489179/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |