Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 897,544 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 897,544 | 0 | A | T | 99.2% | 572.1 / ‑5.2 | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (133/111); minor base C (1/1); total (135/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,545 | 0 | G | C | 99.6% | 571.5 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (135/112); total (135/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,546 | 0 | C | G | 99.6% | 574.7 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (134/111); total (135/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACAGCTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGAGCGTCGATCGCATGATGAGCGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGAGTACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCG > CP042583/897267‑897823 ||| gcagGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGGCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGaa > 1:208258/1‑288 (MQ=255) aGTTTGGCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCt < 1:330827/286‑1 (MQ=255) tGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGt > 1:1259218/1‑289 (MQ=255) cGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGTCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTAt < 1:1635270/288‑1 (MQ=255) ggATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTAGAGGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATGCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGcc < 2:1908706/288‑1 (MQ=255) cGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGcc < 1:1070580/289‑1 (MQ=255) cGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGcc < 1:179376/289‑1 (MQ=255) gATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGcc > 1:1053452/1‑288 (MQ=255) cggtCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGc < 2:665730/286‑1 (MQ=255) cAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCcgc‑g < 1:584862/289‑1 (MQ=255) tCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCgc‑gcgc < 1:1646604/288‑1 (MQ=255) ggCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGACCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCGGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCCTTTTGTGCcgccgccccg > 2:610248/1‑281 (MQ=255) gcgcaacatttCGGTGCCATCCCCGACCCGTGGAACAACCCCGGCGAGTCCAAAGGCGGCGCAACCAACGTTAAACACCTGAATGAACAGGACCGCTACACGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGaa < 2:1804355/279‑1 (MQ=255) cGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGCTCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACCAAGGCGATGCTGCTACCGCTGAGTCGGTCGATCGCATGCTGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCCGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCCTTTTTGGCCGC‑GCCCCCGac > 2:1272925/1‑287 (MQ=255) aTCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCCGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCCTTCCGGTATCCATTCAATGTTTGGCCGACTCTTGTTCCCG‑CCGCACGGAGCGCa > 2:1441232/1‑289 (MQ=255) cccGTTCGATGGAATCACCGACCCGGGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAg < 2:1919724/288‑1 (MQ=255) tggATGGCATCACCGGACCGGGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGc < 2:1580317/287‑1 (MQ=255) tCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGc < 1:936730/289‑1 (MQ=255) tCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTACCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGc < 1:412924/289‑1 (MQ=255) gtgacATCACCGACCCGTGGTAAAACCCCGGCAATGTAAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCg < 2:101626/284‑1 (MQ=255) tCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTaa > 1:1533/1‑289 (MQ=255) cACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCg < 1:752770/281‑1 (MQ=255) cGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTg < 1:1287279/289‑1 (MQ=255) cGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTAGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGtt > 1:637167/1‑288 (MQ=255) ccGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGt < 1:442896/289‑1 (MQ=255) ccGAGGTACACCCCCGGGGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGt < 2:767708/289‑1 (MQ=255) gTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGACGCGCCGGGGGCCGCAGGTAAGTTGAAGTAtt > 2:1330978/1‑287 (MQ=255) aCAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATttctt < 2:1053452/289‑1 (MQ=255) 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gCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑CCGCACGAAGCGCCGTGGGCCGCAGGCAAGGTGCAGTAGTTCTTCGCCag > 2:26322/1‑285 (MQ=255) cGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGaa < 1:1893798/288‑1 (MQ=255) gATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGaaa < 2:692206/288‑1 (MQ=255) 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ccGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGAt < 1:860224/289‑1 (MQ=255) tgagtcggTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGAt < 1:1569207/282‑1 (MQ=255) gtcggTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGAtct < 1:1471064/284‑1 (MQ=255) ggTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTAc < 2:909097/288‑1 (MQ=255) cGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGAGATGGCAAGGTTGATCTCTACCAg > 1:1247974/1‑289 (MQ=255) gCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCg > 1:1012806/1‑202 (MQ=255) ||| GCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACAGCTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGAGCGTCGATCGCATGATGAGCGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGAGTACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGC‑GCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCT‑CGCCACTGCTT‑CC‑ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCG > CP042583/897267‑897823 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |