Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 897,976 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 897,976 | 0 | A | T | 100.0% | 512.4 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 897,977 | 0 | G | C | 99.1% | 498.9 / ‑5.5 | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/108); minor base A (0/2); total (104/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,978 | 0 | T | A | 99.5% | 508.9 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/109); minor base C (0/1); total (104/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGA > CP042583/897700‑898252 ||| gCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTa < 1:975119/289‑1 (MQ=255) cAACCGGGCCGCCAATATGCCGTGGTGTTGGTTTGCCCGAAGCGCCGGGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTa < 2:414707/288‑1 (MQ=255) aaCCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGc < 1:1235089/289‑1 (MQ=255) gCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCt < 1:191759/288‑1 (MQ=255) cgcgagagTGCCGCGGTGCCACGCTTACCCAAGAGCCGCCCGGCGCGTGAGGCCTCTGTGCCGCCATTCGCGGTGGCAAGATTGTTCTCTCCCAGTGCGTGGTGCACACCACCTGGAACGCCAGCCCGAGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGGGCTTATGACGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGCGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGAt < 2:1118670/285‑1 (MQ=255) gTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGAtct < 1:1483864/284‑1 (MQ=255) tGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACgg > 2:816223/1‑269 (MQ=255) 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tCGCGATGGCAAGATCGATCACTACCAGGGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGCGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGc < 1:795690/289‑1 (MQ=255) tGGCACGATTGATCTCTACCAGTGCGGGAGGCAGACCACCAGGAACGCCGGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGACGCGGCGCTGATTAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCGTTGTCCCGTGCCTAGCCTGTTCAACACCCGTGCTGGGCGACGAAGGTAGCGAGCGGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTa < 2:1397334/288‑1 (MQ=255) ggCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATg > 2:1472683/1‑289 (MQ=255) 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ccAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTg < 1:415551/289‑1 (MQ=255) gTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCCGGTGCGTTAACAGGCCAGGAGCATCATCCTGCAACAGACAAGCCACAACGTTGGCCGCCACCATGTCTTGTAAGCCCCAGtcctc > 2:625101/1‑285 (MQ=255) gTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCCACAGAAAAGGGACCACGTTGTCAGCCACCATGTCTTTTAAGCGCCAGTgcgc > 2:562143/1‑289 (MQ=255) 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tGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGc < 1:1139454/265‑1 (MQ=255) aCCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGGTCTATATGGGCTAGATCCGGTTAGTTCACTTCAgcg > 2:770258/1‑288 (MQ=255) tGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGa > 1:1800991/1‑289 (MQ=255) ||| GAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGA > CP042583/897700‑898252 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |