| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 901,026 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 901,026 | 0 | A | T | 99.2% | 634.9 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (145/120); minor base C (2/0); total (148/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,027 | 0 | G | C | 99.2% | 629.2 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (148/118); minor base A (0/2); total (148/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,028 | 0 | T | A | 98.9% | 626.1 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (148/117); total (148/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TCGGGTTATTTTTCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTAAGCCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGAGTTTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTAGTAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCTGG > CP042583/900746‑901305 ||| gTTATTTTTCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTcc < 2:1552624/288‑1 (MQ=255) ttATTTTTCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCa > 2:1381779/1‑288 (MQ=255) ttttCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTAt < 2:26855/289‑1 (MQ=255) ttttCTCGCTTGGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGCTGTCATTTATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTAt < 2:909577/289‑1 (MQ=255) cGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTACATGGTCATTCAATTCCAACTATGTGGGCGatat > 2:522876/1‑289 (MQ=255) tGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTACGCCCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGCGTTTCAGTTTGGTACTACCTGGTCATTCTATTCCAACGTTGTGGGCGATAGTTTTGGCGCAcc > 2:429173/1‑289 (MQ=255) cgcATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCAcc > 1:114461/1‑287 (MQ=255) cgcATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCAcc > 1:920265/1‑287 (MQ=255) tGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGa < 1:1103852/288‑1 (MQ=255) tGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCGCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTTCCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGa < 1:1045670/288‑1 (MQ=255) tCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGgcg < 1:1686612/270‑1 (MQ=255) aTTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAATCAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGTGCGATATTTTTGGCGCCCCGCGGGCGATGGGTGCAt > 2:1434262/1‑289 (MQ=255) aTTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCAt > 1:234544/1‑289 (MQ=255) atcgcGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTCAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGTCGCCACCCTCGCGATGGATGCATACATgg > 2:212163/5‑287 (MQ=255) cgcGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGTCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCTCACCGCGGTCGACGTCAACATTACTGGCct > 2:1695484/3‑288 (MQ=255) cgcGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCct > 2:1210660/3‑288 (MQ=255) 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tATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCgg < 2:1523564/289‑1 (MQ=255) tATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCg > 1:457125/1‑288 (MQ=255) tATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCg > 1:691940/1‑288 (MQ=255) 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cTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGgcg > 1:126700/1‑208 (MQ=255) ttACCCTGGGGCTTATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCt < 1:87522/289‑1 (MQ=255) ttACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCt < 2:1166254/289‑1 (MQ=255) 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tACTAACTGGTCATTTTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTTGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGTGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCt < 1:1279503/288‑1 (MQ=255) tACTAACTGGTCATTCTATTTCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCt < 1:1560802/288‑1 (MQ=255) tACTAACTGGTATTTTTATTCCAACTTTGGGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGTATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTTCAAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCt < 2:312639/288‑1 (MQ=255) ||| TCGGGTTATTTTTCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTAAGCCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGAGTTTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTAGTAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCTGG > CP042583/900746‑901305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |