| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 901,776 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 901,776 | 0 | A | T | 99.6% | 547.0 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,777 | 0 | G | C | 99.6% | 547.8 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/104); minor base A (1/0); total (129/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,778 | 0 | C | G | 98.3% | 528.1 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (125/104); total (129/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTG > CP042583/901501‑902051 ||| gTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCCGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTCCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCg > 2:195365/1‑289 (MQ=255) 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gCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCCTGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTTCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTgg > 1:924759/1‑289 (MQ=255) gCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGca > 1:838320/1‑200 (MQ=255) gCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTgg > 1:646939/1‑289 (MQ=255) cTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGCTGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTggg > 1:387104/1‑289 (MQ=255) cTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTgg < 1:284133/288‑1 (MQ=255) aaTGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTg > 1:1127362/1‑289 (MQ=255) ||| GTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTG > CP042583/901501‑902051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |