| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 441,107 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 441,107 | 0 | A | T | 99.7% | 759.1 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (155/164); total (156/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,108 | 0 | G | C | 99.4% | 746.8 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (153/164); minor base T (2/0); total (156/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,109 | 0 | T | A | 98.4% | 733.3 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (149/163); minor base C (5/0); total (156/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
GCCGAATAGCAGCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAAGTGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTG‑GCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGT > CP042583/440828‑441384 ||| agcagcTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGtt < 1:1340426/289‑1 (MQ=255) aTGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTAGGTTCAATTTTGACGGCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGGGGTTTTTCttt > 2:945916/1‑289 (MQ=255) tCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTAtt < 1:183687/288‑1 (MQ=255) aCCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTTCTTGCGGCGGCTTTTTCCCGGTTAAGGTTTTGTTAGGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATTCGGATTTCGGTGTTTTTTCTTTATTTTTTg > 2:1128586/1‑289 (MQ=255) 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GCCGAATAGCAGCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAAGTGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTG‑GCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGT > CP042583/440828‑441384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |