| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 903,119 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 903,119 | 0 | A | T | 99.6% | 646.3 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,120 | 0 | G | C | 99.3% | 636.2 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (149/126); total (151/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,121 | 0 | C | G | 99.6% | 646.1 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (149/128); total (151/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTAGTCAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGA‑GAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACA > CP042583/902841‑903398 ||| tCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGA‑GTCGCCCGtttt > 1:1133921/1‑289 (MQ=255) ttATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGA‑GTCGCCCGTTTTGTGGa > 2:1210047/1‑289 (MQ=255) tATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATCCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGA‑GTCGCCCGTTTTGTGGa > 1:128203/1‑288 (MQ=255) tgCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGA‑GTCGCCCGTTTTGTGGATCTTc > 1:879571/1‑288 (MQ=255) 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tttGTCGA‑GTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTaca < 2:1009034/289‑1 (MQ=255) tttGTCGA‑GTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTaca < 1:235946/289‑1 (MQ=255) tttGTCGA‑GTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTaca < 1:1938681/289‑1 (MQ=255) ||| TCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTAGTCAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGA‑GAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACA > CP042583/902841‑903398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |