| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 909,371 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 909,371 | 0 | G | C | 99.3% | 629.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (148/120); total (149/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 909,372 | 0 | C | G | 99.6% | 631.8 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (149/122); total (149/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 909,373 | 0 | T | A | 98.9% | 615.8 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (148/118); total (149/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACGCTAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAAGCTTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCGCTTTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACACTGCGATAAACCACGCGCC > CP042583/909095‑909660 ||| tttAACCCGTCCGCTAATTAATTGCGGGGAACTTTCCAGCAGCGGGGGCGGTTCAAAGGGCTAATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGCGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctgg < 2:1500553/289‑1 (MQ=255) cACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctggctg < 2:303683/289‑1 (MQ=255) gTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTTCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCttt > 2:323047/1‑289 (MQ=255) tCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCgttt > 1:1743949/1‑289 (MQ=255) tCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCGGGCtttt > 1:1647355/1‑289 (MQ=255) cAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGt > 1:1910364/1‑289 (MQ=255) gggTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACGTTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTg > 2:835155/1‑288 (MQ=255) 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tCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGCAAGGGGTGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCCGCGCCTGCGTTTGTTTGGCCAGTGGACGCGTGactgc > 2:1448362/1‑286 (MQ=255) ccAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGATCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTAAGTGCATGAACATTGCTGAGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGACAGGGAAGACAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCCACGTTTGTTCGGATAGTGGACGCGTGactgagcgtta > 1:1493490/1‑280 (MQ=255) tttttGCCGGGCGGGCTTTTTCTGCTGCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGAATCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACTGAGCGATAAACCACGCGcc < 2:237800/288‑1 (MQ=255) ||| TTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACGCTAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGA‑GAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAAGCTTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCGCTTTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACACTGCGATAAACCACGCGCC > CP042583/909095‑909660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |