Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 912,684 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 912,684 | 0 | A | T | 99.6% | 618.1 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 912,685 | 0 | G | C | 99.2% | 612.1 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (139/121); total (140/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 912,686 | 0 | C | G | 100.0% | 614.2 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (140/122); total (140/122) |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CGCTCGCCGTAACGGAAACGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGAGCGTACTGGCGCTGGTCGCAATTGGGATTGTGATTGGCATTGCGCTGATTGTATTGCCACACGTTGGGATCAAAGTCACCAGCACAACCGAATTTTGTGTCAGTTGCCACAGTATGCAACCGGTGTATGAAGAATATAAACAGAGCGTGCATTTCCAGAACGCCTCCGGCGTGCGAGCTGAATGCCATGACT‑GTCATATCCCGCCGGATATTCCAGGCATGGTGAAGCGCAAACTGGAAGCGAGCAATGATATCTACCAGACCTTTATTGCTCACTCC > CP042583/912407‑912962 ||| cGCTCGCCGTAACGGAAACGGTATACCCCTCCTGAGTGAAGTAGGATTGTAATCGCGCCTGGGTAACCGGCTCATCTTCAACAATAACAATGTGATGTGGCATCAGAGGGTTTTACTCATTCTGTTCATATCTGTTCATATTCTGCCGTAAGCCGTTCATCCTGACCAGTGCCGCTGTTCATATTTGCTCATTAAGATCGCTTCACTAAACCATAATTCTACAGGGGTTATTATGCGGAAACTCTGGAACGCGCTACGCCGACCCAGTGCTCGTTGGTCGGTACTGgc > 1:992513/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |