Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 914,423 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 914,423 | 0 | A | T | 99.1% | 554.7 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (121/110); minor base G (0/2); total (121/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 914,424 | 0 | G | C | 100.0% | 552.3 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (121/112); total (121/112) | |||||||||||
* | CP042583 | 914,425 | 0 | C | G | 99.6% | 546.1 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (120/112); total (121/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
AAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATTGAGGTCATCAGCATCGAT‑CCGGTTGTCACATCCACCCATGAGTATCTGGGGCGCGAGCATGTGAAGCACATTGCGGTTAACCCGCAAACTGACGTGCCGCTGCAA > CP042583/914144‑914704 ||| cgcCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAGgtgg > 1:1495045/1‑288 (MQ=255) aTCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGAGCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGa > 1:1591900/1‑289 (MQ=255) aGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATAACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTCGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGc > 1:1395798/1‑289 (MQ=255) cGATACCCCCCGGTGCGGTGTTAACCTTTTGGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCa < 2:1683435/288‑1 (MQ=255) 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ggTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTgg > 2:1914283/1‑289 (MQ=255) tcagtAACCTTTTGATGCGCGTGGACTGTGCTGAAGCCATCGACCTGATCTATGAAGAACTGTAACGCGTGCAGACACCGCGCGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGTGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTgg < 2:1854235/284‑1 (MQ=255) gTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTgg < 1:1180232/288‑1 (MQ=255) tttGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACa > 2:702730/1‑289 (MQ=255) tgCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCa < 1:1712103/256‑1 (MQ=255) tgCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGGCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCa > 2:1712103/1‑256 (MQ=255) gcgTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCaaaa > 1:135432/1‑288 (MQ=255) tGAGCGGGGATGAAGCGCTCAACATGTGCTATGAAGAACTGGAACGCGGGCAGAAAACTGACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCa < 1:850928/288‑1 (MQ=255) aaGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTggg > 1:1890004/1‑288 (MQ=255) aGCCCTGGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTGCCGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTgggg < 2:1363494/288‑1 (MQ=255) cTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTTCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGTTCCg > 1:691759/1‑289 (MQ=255) gTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTg > 1:315508/1‑289 (MQ=255) 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aaCTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATGGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCa > 1:1468029/1‑289 (MQ=255) aaCTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCa > 1:457189/1‑289 (MQ=255) cTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAg < 1:1728687/289‑1 (MQ=255) aCGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGa > 1:1058396/1‑287 (MQ=255) aCGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAAc < 1:909612/289‑1 (MQ=255) cgTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCTACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCGGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGACCAGCAAAACCATTGGGCTGTGGGGCCCCGATTTGCTGAAAAACCAGCCAGCGAACtgg > 2:1728687/1‑289 (MQ=255) 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cGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCCCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCa > 2:337981/1‑288 (MQ=255) ggccggggtccTTGCTGTCCGCCGTGGGTTGGCAATGGACGGGGATGTTCACTAAGGCTTCGGGGATGCTGGAGAAATCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACg < 2:1096290/279‑1 (MQ=255) ggCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACg < 1:1778811/288‑1 (MQ=255) 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AAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATTGAGGTCATCAGCATCGAT‑CCGGTTGTCACATCCACCCATGAGTATCTGGGGCGCGAGCATGTGAAGCACATTGCGGTTAACCCGCAAACTGACGTGCCGCTGCAA > CP042583/914144‑914704 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |