| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 916,208 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 916,208 | 0 | A | T | 99.6% | 574.9 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (140/105); total (141/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 916,209 | 0 | G | C | 99.2% | 571.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/105); minor base T (2/0); total (141/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 916,210 | 0 | C | G | 100.0% | 574.1 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (141/105); total (141/105) | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AGAGCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCC > CP042583/915930‑916481 ||| agtcggAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTgg < 1:36825/283‑1 (MQ=255) 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cTGCGGCAGCATAATCCGGTAGGAGGTAAAAGGCCAGTATTCATTACCCCGCAGGATGCCAGCGCGGGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 2:1129154/288‑1 (MQ=255) tgagTCAGACATATACGGTAGCGTGTAAAGAGCCAGTATTCATTAGCCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCa < 2:946918/285‑1 (MQ=255) gagtcagacagatgcGGTAGAGGGTAAAGAGCAAGTACTCATTAACCCGCAGGACGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTGACGGTGATGTGGTAGGCGTCTTTAGCGCTCGCGGTCGGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 2:1058904/272‑1 (MQ=255) 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cATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCACGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCTGCGTGGCACGAATTCACGCAGGGGCATGGTACCATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCACATAGGGTAACCCCAAAGTGGTGCCCATCGAACTCAGGAGATTGCAGCTGGCCCAGGCAACCAGTGCGGCCACTACCCGTGTGGAAATTGAGAATGACaaagaa > 2:198105/1‑285 (MQ=255) ttAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAAc < 1:1151803/289‑1 (MQ=255) aaCCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAg < 1:57755/289‑1 (MQ=255) 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cGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGtcg > 2:778861‑M1/1‑157 (MQ=255) tGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGtcgcaggtgaaatcatgaccacgctgacagcacaacagattgcctgtgtttacgcctggctagcgcagttgttctcccgtgagctggacgatgaacaactgacgcaaatcgccagtgcgcagatggctgaatggttt > 1:140411‑M1/1‑152 (MQ=255) tGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTAACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGtcgcaggtgaaatcatgaccacgctgacagcacaacagattgcctgtgtttacgcctggctagcgcagttgttctcccgtgagctggacgatgaacaactgacgcaaatcgccagtgcgcagatggctgaatggttt > 1:1669661‑M1/1‑152 (MQ=255) 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AGAGCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCC > CP042583/915930‑916481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |