| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 919,610 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 919,611 | 0 | G | C | 99.5% | 459.2 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (86/107); minor base A (1/0); total (87/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 919,612 | 0 | C | G | 99.5% | 457.6 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (87/106); minor base T (0/1); total (87/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
ATTCATTAAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGGCTCTTGTTGATACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGAGTTGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGAGCGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTAGTGATAGCATTTGCAGTTTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCAAGTATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTAGTACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATAT > CP042583/919342‑919890 ||| aTTCATTAAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGGCTCTTGTTGATACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGTCGGATAGGATTAAAGCGGTg > 1:336551/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |