Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 481,181 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 481,181 | 0 | A | T | 100.0% | 554.6 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 481,182 | 0 | G | C | 99.2% | 543.3 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (121/112); total (122/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 481,183 | 0 | T | A | 100.0% | 552.8 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (122/113); total (122/113) |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTG‑AGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTGTGTCTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTGCCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGAGTACCGTAAGCGAAGATACTGCGAGCAATCAAGAGCCG > CP042583/480904‑481461 ||| gATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTTCAGAGGTGATGAGCCGGATTGcc > 1:473972/1‑289 (MQ=255) 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cGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTTCAGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTG‑TCGCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTGCGTCTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTGCCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTa < 1:196104/288‑1 (MQ=255) tcggtgGGGAACAGGGGCTGGTTCAAGGGTGAGGAGCCTGATTGCCGCGACGATGATTGGCGGCATGATCACCGAACCTTTGCTG‑TCGCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCAGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTGTGTCTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTGCCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCgt < 2:1580881/286‑2 (MQ=255) tgtgGGGAACGGGGGCTGGTTCAGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTG‑TCGCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTTTGTCTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTGCCCCCCAACAAACAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACCGGTCAACCGTATCGGAAGATACttggtcc > 2:836606/1‑283 (MQ=255) ||| GTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTG‑AGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGATTGTGTCTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTGCCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGAGTACCGTAAGCGAAGATACTGCGAGCAATCAAGAGCCG > CP042583/480904‑481461 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |