Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 933,970 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 933,970 | 0 | A | T | 99.5% | 515.4 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 933,971 | 0 | G | C | 99.1% | 506.4 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (107/107); minor base A (0/2); total (107/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 933,972 | 0 | T | A | 99.5% | 516.9 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (106/110); total (107/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACACCGATGTTGGTGACATTTTGTGTCTATATCTTTGGCATGATATTGATTGGGTTTATCGCCTGGCGAAGTACGAAAAACTTTGACGACTATATTCTGGGCGGTCGTAGTCTTGGGCCATTCGTGACGGCATTAAGCGCGGGTGCGAGCGATATGAGCGGCTGGCTGTTAATGGGGTTGCCGGGCGC‑TGTTTTTCTTTCCGGGATTTCCGAAAGCTGGATCGCCATTGGCCTGACATTAGGCGCGT‑GGATTAACTGGAAGCTGGTGGCCGGGCGGTTGCGTGTGCATACCGAAT‑ACAACAATAACGCCTTAACACTGCCGGATTATTTCACCGGGCGCTTTGA > CP042583/933693‑934244 ||| agTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACACCGATGTTGGTGACATTTTGTGTCTATATCTTTGGCATGATATTGATTGGGTTTATCGCCTGGCGATCAACGaaaa > 1:1350407/1‑287 (MQ=255) 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attgGGTTTATCGCCTGGCGATCAACGAAAAACTTTGACGACTATATTCTAGGCGGTCGTAGTCTTGGGCCATTCGTGACGGCATTATCGGCGGGTGCGTCGGATATTAGCGGCTGGCTGTTAATGGGGTTTCCGGGCGC‑TGTTTTTCTTTCCGGGATTTCCGAAAGCTGGATCGCCATTGGCCTGACCTTATGCGCGG‑GGATTAACTGGTAGGTGGTGGCCGGGCGGTTGCGTGGGCATAACGAAG‑ACAACAATACAGCCTTAAAACGTCCGGGTTATTTCACCCGgc > 2:1042895/1‑289 (MQ=255) ggTTTATCGCCTGGCGATCAACGAAAAACTTTGACGACTATATTCTGGGCGGTCGTAGTCTTGGGCCATTCGTGACGGCATTATCGGCGGGTGCGTCGGATATGAGCGGCGGGCTGTTAATGGGGTTGCCGGGCGC‑TGTTTTTCTTTCCGGGATTTCCGAAAGCTGGATCGCCATTGGCCTGACATTAGGCGCGT‑GGATTAACTGGAAGCTGGTGGCCGGGCGGTTGCGTGTGCATACCGAAT‑ACAACAATAACGCCTTAACACTTCCGGATTATTTCACCGGGCGCtt > 1:1671378/1‑289 (MQ=255) ||| AGTGCAACCTGATGAAAAATAGTGTCGCTGAGCACTAAAATTTAATGTAAATGGTGTGTTAAATCGATTGTGAATAACCAGCGCTTCCGGCAGGATACGGTCGCCCTGGTAAAACATAAACTCTGTTACCCCGTTCCGGTGGCAGATATAACGGCAAGTTTCGACATTGCCGATAATAATTTTTTGGAGACTTTAGATGGCTATTAGCACACCGATGTTGGTGACATTTTGTGTCTATATCTTTGGCATGATATTGATTGGGTTTATCGCCTGGCGAAGTACGAAAAACTTTGACGACTATATTCTGGGCGGTCGTAGTCTTGGGCCATTCGTGACGGCATTAAGCGCGGGTGCGAGCGATATGAGCGGCTGGCTGTTAATGGGGTTGCCGGGCGC‑TGTTTTTCTTTCCGGGATTTCCGAAAGCTGGATCGCCATTGGCCTGACATTAGGCGCGT‑GGATTAACTGGAAGCTGGTGGCCGGGCGGTTGCGTGTGCATACCGAAT‑ACAACAATAACGCCTTAACACTGCCGGATTATTTCACCGGGCGCTTTGA > CP042583/933693‑934244 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |