| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 935,155 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 935,155 | 0 | A | T | 95.2% | 278.9 / NA | 126 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (47/73); minor base G (4/2); total (51/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,156 | 0 | G | C | 98.4% | 272.5 / NA | 126 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (50/73); total (51/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,157 | 0 | T | A | 99.2% | 294.8 / NA | 126 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (50/75); minor base C (1/0); total (51/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA > CP042583/934875‑935434 ||| tCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGGCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTTACGCATg > 1:1291292/1‑289 (MQ=255)gtaggtttctgcAATTCTGGGCGGGGTAAAGTCGACCTTAAGTTGCCAGCTGGTGGTGTGCTGCAGTGCGATTACCGAAGATTGGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGGCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATg < 2:1353142/279‑1 (MQ=255) ggcggTGATGTCAACCTTATGTTGCCTGCGGCGGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAGGCGTTGCTGCGTAAACATGCCGGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGGTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGc < 2:167307/288‑1 (MQ=255) ggTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCgggg < 1:1161001/289‑1 (MQ=255) 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ctgttctcggTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAACCTGCGGCGGCtttggttg > 2:334971/10‑289 (MQ=255) tctcggTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGAGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCtt < 1:80755/284‑1 (MQ=255) ctcggTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCCACATCCTTCGGCCCCGGCGTCACGGTTGCAGGAAAGGTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTGTGTTTggtc > 2:1685946/5‑285 (MQ=255) ||| TCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA > CP042583/934875‑935434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |