| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 940,602 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 940,602 | 0 | A | T | 98.6% | 502.5 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (89/123); minor base G (1/2); total (90/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 940,603 | 0 | G | C | 99.6% | 509.3 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (93/126); total (93/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 940,604 | 0 | C | G | 99.6% | 518.5 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/127); minor base T (1/0); total (93/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
AATAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTAGCGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGT‑TATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGC > CP042583/940325‑940883 ||| aaTAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGCCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTg < 1:496697/288‑1 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tGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGT‑TATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGCCGCCAGGTGTCGCACCCCGGGTGGGGCCTCTCATCCCCCCGgtgtgt > 1:163092/1‑289 (MQ=255) cgtacgttCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGT‑TATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGTGATTTACTCGCTTCGCTCGCCCCGCTGTCAGCCCGCTCACCGCGTCCACGGTCTGTCTAACTGGCTGGCCACCGTTGTCGAAACCCTGTCGGGGCTTCCCGTccccctgcgttggg > 2:1726623/1‑279 (MQ=37) cgtacgttCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGT‑TATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACg > 2:1764748/1‑222 (MQ=255) cgtacgttCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGT‑TATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCCGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc > 1:1913436/1‑289 (MQ=255) ||| AATAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCGCAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTAGCGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGT‑TATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGC > CP042583/940325‑940883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |