Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 482,050 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 482,052 | 0 | C | G | 98.8% | 746.3 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (160/167); total (166/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
ACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGAGCCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAA‑GCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTAGTCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGT > CP042583/481768‑482328 ||| gcttagggctgcTATATGCAGTACTGGTTCCAGGATGTTCCACCGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTTTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTTAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTTTGGCCTGTGGCTGCTGTTTTCTGGTCACGGCGGCGAGAAAGCCAGTATCGACAACCTCTGGCGCTACGGTGGTTTCTTCGCCACCGGCTGGAATGGGCTGATTTTGTCGCTGGCgg < 2:1296027/278‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |