| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 943,044 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 943,044 | 0 | A | T | 100.0% | 526.5 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (127/94); total (127/94) | |||||||||||
| * | CP042583 | 943,045 | 0 | G | C | 99.1% | 516.1 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (126/93); minor base T (1/1); total (127/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 943,046 | 0 | C | G | 99.6% | 521.5 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (126/94); minor base A (1/0); total (127/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GTGAGGTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCAGCGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTT‑AAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTAGCCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCAGGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCATGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTGCGCGCTTTTCTTTCTGAGCGAGGGATGCCATTAGCGGATACGCC > CP042583/942767‑943324 ||| gTGAGGTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCTCGGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTT‑AAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTTCGCTCTATTa > 1:1472205/1‑288 (MQ=255) 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cgTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTT‑AAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTTCGCTCTATTACCGcc < 1:870442/227‑1 (MQ=255) cgTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTT‑AAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTTCGCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCg > 2:974451/1‑289 (MQ=255) cgTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTT‑AAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTTCGCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCg > 1:474771/1‑289 (MQ=255) 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tgtgCTGGGTTCGCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCAGGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCACGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTGCGCGTTTTTCTTTCTGGGCGAGTGACGCCAtgcgtggagtc > 2:1096040/1‑278 (MQ=255) gtgCTGGGTTCGCTCTATTACCGCCAACCACAAGAGCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCATGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCATGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTGCGCGCTTTTCTTTCTGAGCGAGGGATGCCATTAGCGGATACGc < 1:796089/289‑1 (MQ=255) tgCTGGGTTCGCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCAGGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCATGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTGCGCGCTTTTCTTTCTGAGCGAGGGATGCCATTAGCGGATACGcc > 1:301537/1‑289 (MQ=255) ||| GTGAGGTAGCCGCAGCGGTACGTGATGCTGGAGGTTGGGTGGCATTAGGCAGCGATTCTCACACCGCGTTTACCATGGGGGAATTTGAAGAGTGTCTT‑AAAATCCTCGACGCGGTAGATTTTCCGCCAGAGCGCATTTTGAATGTTTCTCCGCGCCGCTTACTGAACTTCCTTGAATCTCGCGGTATGGCACCGATTGCGGAATTTGCAGACCTTTAATTACTAGTAATGGAAATATATTAATGAACGAGTTTTCTATCCTCTGTCGTGTGCTGGGTAGCCTCTATTACCGCCAACCACAAGATCCTTTACTGGTGCCGCTGTTTACCCTGATTCGTGAGGGGAAACTGGCTGCGAACTGGCCACTGGAGCAGGATGAGTTGCTGACACGTTTGCAGAAAAGCTGTGATATGACGCAAGTCTCTGCCGATTACAATGCGTTGTTTATCGGCGATGAATGTGCTGTGCCGCCATATCGTAGCGCATGGGTTGAGGGCGCGACGGAAGCGGAAGTGCGCGCTTTTCTTTCTGAGCGAGGGATGCCATTAGCGGATACGCC > CP042583/942767‑943324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |