| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 441,467 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 441,467 | 0 | A | T | 99.6% | 525.7 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (124/98); minor base G (1/0); total (125/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,468 | 0 | G | C | 99.6% | 525.6 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (125/97); minor base T (0/1); total (125/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,469 | 0 | C | G | 100.0% | 529.6 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (125/98); total (125/98) | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGT‑GGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTG > CP042583/441189‑441747 ||| aaaGTTGCGTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGt < 2:971548/289‑1 (MQ=255) gCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGtt < 1:1073944/289‑1 (MQ=255) cTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCCGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGGGCGGGTCTTGGTTATGt > 2:477767/1‑289 (MQ=255) cTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGt > 1:1053244/1‑289 (MQ=255) 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atatGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGgcgcg < 1:1304600/289‑1 (MQ=255) tACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATc < 2:1003937/289‑1 (MQ=255) tACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATc < 1:834042/289‑1 (MQ=255) 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gCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAg > 1:1171209/1‑289 (MQ=255) gCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAg > 2:429744/1‑289 (MQ=255) cTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCATCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTAt > 1:362223/1‑288 (MQ=255) 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AAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGT‑GGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTG > CP042583/441189‑441747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |