Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 945,124 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 945,124 | 0 | G | C | 98.8% | 573.9 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,125 | 0 | C | G | 99.6% | 583.2 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (107/143); total (109/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,126 | 0 | T | A | 98.4% | 572.9 / ‑5.7 | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); major base A (105/140); minor base G (1/3); total (109/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
ACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTAT‑ACGCTAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTA‑AACCGCTAACCTGGATGGT‑GCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACC > CP042583/944846‑945402 ||| aattGCCGGGTAGGTGTTAAATTGCCCGGTGTCGTCCTGAATGTTGTAT‑ACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTTAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTA‑AACCCGAAACCTGGATGGT‑CGAGGTTTGTc < 2:1438032/287‑1 (MQ=255) aCTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTAT‑ACCGAAACAAAGATTATACCCGTCGGCGCTGGCATATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTA‑AACCCGAAACCTGGATGGT‑CGAGGTTTGTc < 2:1549163/289‑1 (MQ=255) aCTTGACAGGTAGGTGTTAAATGTCCCGGTTGCGTCCTGAATGTTGTAT‑ACCGATACGAAGATTTTACCCGTGGGCGCTGGCAGATCGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGGGCAAGAGGCATTAATGTCGGTATGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGAAGGAAACCAAAAGGAATAAGCGCTGCATGAATATTTTCCTTATGAAGATGAGGCTTAAATATCGGTTGAGTTATTTTGTA‑AACCCGAAACCTGGATGTT‑CGAGGTTTGTc < 2:1274374/289‑1 (MQ=255) cTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTAT‑ACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTA‑AACCCGAAACCTGGATGGT‑CGAGGTTTGTcc < 1:334881/289‑1 (MQ=255) 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aacccgaaaCCTGGATGGT‑CGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTgg < 1:1662930/282‑1 (MQ=255) ccgaaaCCTGGATGGT‑CGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAg < 2:1553867/251‑1 (MQ=255) ccgaaaCCTGGATGGT‑CGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGtt > 1:1122797/5‑289 (MQ=255) ||| ACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTAT‑ACGCTAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTA‑AACCGCTAACCTGGATGGT‑GCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACC > CP042583/944846‑945402 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |