| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 947,442 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 947,442 | 0 | A | T | 98.9% | 431.9 / ‑2.6 | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (86/93); minor base C (1/1); total (87/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,443 | 0 | G | C | 100.0% | 435.6 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (87/95); total (87/95) | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,444 | 0 | T | A | 100.0% | 437.9 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (87/95); total (87/95) | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
AAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATAGTGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTAGTTTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCAGTAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTAGCCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACGGC > CP042583/947164‑947722 ||| tACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATaa < 2:671401/289‑1 (MQ=255) tACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATaa < 2:1551247/289‑1 (MQ=255) cgcgcgGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGt < 1:1841459/289‑1 (MQ=255) cgcgcgGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGt < 2:1025515/289‑1 (MQ=255) 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AAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATAGTGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTAGTTTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCAGTAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTAGCCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACGGC > CP042583/947164‑947722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |