Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 948,079 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 948,079 | 0 | A | T | 99.4% | 796.1 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 948,080 | 0 | G | C | 99.4% | 796.8 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (156/179); minor base A (0/2); total (157/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 948,081 | 0 | T | A | 99.1% | 805.7 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (155/180); minor base C (2/1); total (157/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
CCGATGGGGGTTTTACATGAAACTTTTAAAAGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCAGTGATGACAGCAGTATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTGTTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGAATACGTTATTACTCCTTGCGGCACT > CP042583/947799‑948357 ||| cggATGGGGGTTTAACATGAACCTTGTAAAGGGAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGGTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGTTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCTCAGATGACAGCTCAATCGAt < 2:417111/287‑1 (MQ=255) 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ggctcagatgaCAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTGTTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGAATACGTTATTACTCCTTGCg > 2:475833/7‑289 (MQ=255) ggctcagatgaCAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTGTTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGAATACGTTATTACTCCTTGCg > 1:717996/7‑289 (MQ=255) agatgaCAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTGTTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGaa < 2:1742350/264‑1 (MQ=255) ||| CCGATGGGGGTTTTACATGAAACTTTTAAAAGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCAGTGATGACAGCAGTATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTGTTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGAATACGTTATTACTCCTTGCGGCACT > CP042583/947799‑948357 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |