| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 482,467 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 482,467 | 0 | A | T | 100.0% | 661.7 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (131/149); total (131/149) | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,468 | 0 | G | C | 99.3% | 649.3 / ‑5.4 | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (130/146); minor base A (1/1); total (131/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,469 | 0 | C | G | 99.6% | 652.5 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/148); minor base A (0/1); total (131/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGA > CP042583/482190‑482743 ||| acTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGgtggtg < 1:402644/288‑1 (MQ=255) ggtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAAt < 1:497839/288‑1 (MQ=255) gtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCGTGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCAAAGTGTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGACTAATGCTCTGATGCTTTCCGGAGCTGTCACTTCGCTGGTGGTTTTAATCa > 2:322615/1‑289 (MQ=255) gtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCa > 1:888689/1‑289 (MQ=255) ttACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACt > 1:1013506/1‑289 (MQ=255) aCTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGCGGTGTTAATCAACTAt > 1:1857296/1‑289 (MQ=255) gcTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGATCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCaa > 2:551396/1‑279 (MQ=255) gcTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCaa < 1:551396/279‑1 (MQ=255) ggtggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCg > 2:28205/1‑289 (MQ=255) agggAAATCCAACAGTAGACCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCATCGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTgg < 1:1350855/285‑1 (MQ=255) 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tttGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCaa < 1:1911156/239‑1 (MQ=255) tttGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAg < 2:668119/289‑1 (MQ=255) atgatTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACg > 2:525495/1‑288 (MQ=255) tgatTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACgc < 1:896251/288‑1 (MQ=255) ccATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTg > 1:1175636/1‑289 (MQ=255) aTAATCTGGACAGAAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATGCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 2:1090630/289‑1 (MQ=255) aTAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 2:1041321/289‑1 (MQ=255) aTAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 1:41804/289‑1 (MQ=255) aaTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 1:727637/289‑1 (MQ=255) 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tGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGAtt < 2:1449615/268‑1 (MQ=255) tGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCt > 1:313947/1‑288 (MQ=255) tGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCt > 2:479244/1‑288 (MQ=255) 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cTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACga > 2:1375893/1‑253 (MQ=255) cTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACga < 1:1375893/253‑1 (MQ=255) tCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGATGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGAAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGgtgt > 1:690630/1‑289 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:604459/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:1076201/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:377033/289‑1 (MQ=255) ||| TCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGA > CP042583/482190‑482743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |