| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 482,719 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 482,719 | 0 | A | T | 99.6% | 544.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (117/112); minor base G (0/1); total (117/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,720 | 0 | G | C | 99.6% | 538.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (116/113); total (117/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,721 | 0 | T | A | 99.1% | 541.9 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/112); minor base G (1/1); total (117/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATGAGAGCGGTTTTTTTAATTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCG > CP042583/482440‑483000 ||| tcgcTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATcc < 1:969648/286‑1 (MQ=255) tccgttCCGGCGCGTTCACTTAGCTGTGTGTGTGAACCAATTATCGGCTTCCGCACAGACGGT‑TTGGGTGTCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTTCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCAGCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACACTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCTGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGcc < 2:1334082/285‑1 (MQ=255) tGCTTTCCGTGACGATCGCTTCGCTGGTGGTCTTAATCAACTATCTGCGGCCGCCAAAATCGT‑TTGGTCTGCTGATGGAGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATATGCGTTGTCGTGCAGCGATGCGACGGCAGGTGCGCGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTGCGGCAACTGTCTCTGCATTGCCTTCCTCGGGATGATTTTGCTGCTGAGGTGCTGGATGGATGATGTGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGcc < 2:1347507/289‑1 (MQ=255) tCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGgtgt > 1:1655209/1‑289 (MQ=255) tCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGATGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGAAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGgtgt > 1:690630/1‑289 (MQ=255) ccGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGtgtg < 1:1647505/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:1076201/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:604459/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:377033/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 1:374397/289‑1 (MQ=255) 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cacttcgcTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTc < 2:385010/282‑1 (MQ=255) cacttcgcTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTc < 1:1631760/282‑1 (MQ=255) acttcgcTGGTTGTGTTATTCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTcc < 1:892649/283‑1 (MQ=255) 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cTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCt > 2:1311399/1‑288 (MQ=255) cTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATCTTGCTGCTGATGTGCACGCTGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCt > 1:1585108/1‑288 (MQ=255) aTCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCg > 1:1942126/1‑289 (MQ=255) 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tgtctgGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATgaga > 2:59482/1‑289 (MQ=255) tgtctgGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATgaga > 1:1487247/1‑289 (MQ=255) tctgGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTg > 1:1605635/1‑179 (MQ=255) 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AGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGT‑TTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATGAGAGCGGTTTTTTTAATTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCG > CP042583/482440‑483000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |