Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 952,175 | 6 bp→TGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 952,175 | 0 | A | T | 100.0% | 598.5 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (124/125); total (124/125) | |||||||||||
* | CP042583 | 952,177 | 0 | T | A | 99.6% | 589.4 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/125); minor base C (1/0); total (124/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 952,178 | 0 | A | T | 99.2% | 593.1 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/125); minor base G (2/0); total (124/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,179 | 0 | C | G | 100.0% | 597.7 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (124/125); total (124/125) | |||||||||||
* | CP042583 | 952,180 | 0 | T | A | 100.0% | 600.3 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (124/125); total (124/125) |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
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aGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCatcatc > 2:1665286/1‑288 (MQ=255) cATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGc < 2:1795667/287‑1 (MQ=255) aaaaGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCAATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACt < 1:1337297/289‑1 (MQ=255) |||||| AGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAAC > CP042583/951891‑952449 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |