Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,036,904 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,036,904 | 0 | A | T | 100.0% | 582.0 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,036,905 | 0 | G | C | 99.6% | 562.2 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/121); minor base T (1/0); total (125/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,036,906 | 0 | C | G | 99.2% | 569.4 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (122/121); total (125/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TTGTTCAGTGTGGCTTTCCTAGTCCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACAGCCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTAAGCAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTT > CP042583/1036623‑1037185 ||| ttGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATAAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCAGGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGATTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATTAACAGCGCGTACTTCCCCAt > 2:1133959/1‑289 (MQ=255) tGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCAtt < 2:221500/289‑1 (MQ=255) tCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTAc < 1:1131448/288‑1 (MQ=255) tCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGAAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTTAATCAACTGTTGAACCAACATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTAcc < 1:1345278/289‑1 (MQ=255) atggtgGCTTTCCTTCCCCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCAt < 2:706508/286‑1 (MQ=255) tgtgGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCa > 1:1912522/1‑289 (MQ=255) tgtgGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCa > 1:734835/1‑289 (MQ=255) tgtgGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCa > 1:1479488/1‑289 (MQ=255) tgtgGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGCTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGACGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCa > 1:1855788/1‑289 (MQ=255) gtgGCTTTCCTTCCCCGGCAGCAGATTACGTTGAGCAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCAt < 1:898972/286‑1 (MQ=255) 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cttcaccGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCCCCCATTACCATCAGTAGTGAAGa > 2:1735785/6‑289 (MQ=255) tcacagccataagATTACGTTGAACAGCGCATCGTTCTGAATCAACTTTTGATCCGGCTTCCAAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAATTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATa < 2:1902135/278‑1 (MQ=255) gcagcaGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTgg > 1:609548/1‑289 (MQ=255) tACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTtg < 1:351367/289‑1 (MQ=255) cgcATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTAcc > 1:154845/1‑246 (MQ=255) gccttgATCTGAGTCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGAGACTTACGTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCTAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGAt < 2:1340615/281‑1 (MQ=255) cGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCAcgt > 2:616061/1‑288 (MQ=255) tGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAAATACGCCCGACGGTACAGCTTTTTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCCGAAGTGAAGATACGCGGGGTGTACTTGGGTTGGGAATCCACGGCGATaa > 2:1240139/1‑289 (MQ=255) aCTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTTCCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGTCGATg > 1:568391/1‑289 (MQ=255) aCTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTGAAGGCGAt > 1:538114/1‑288 (MQ=255) aCTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACAATCAGAAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTTTGGTTATCCACGTCGTTAAGGCGATg > 1:1901827/1‑289 (MQ=255) cTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGTAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATgc > 2:209054/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |