| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,037,071 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,037,071 | 0 | A | T | 98.9% | 663.1 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,037,072 | 0 | G | C | 99.3% | 658.5 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/132); minor base T (2/0); total (149/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,037,073 | 0 | C | G | 99.6% | 657.9 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (147/132); total (149/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACAGCCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTAAGCAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTTAGCAGCAATTATGAGCTTTACGCAGACATGAGCAATC‑GGGTGA‑TGAGCACGCTGGAAGAGCTAAGCCCCCGCGTCGAGATTTACAGTATTGATGAGGCATTCTGCGATCTGACAGGTGTGCGTAATTGTCGCGATCTGACTGATTTTGGCAGAGAAATTCG > CP042583/1036792‑1037351 ||| ttttacgcccagccgTGGTGGTATGGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGACGAGTTTACGGTGAAACAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGaataat < 2:1855788/280‑1 (MQ=255)tATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTAGCGaataatt > 2:167424/1‑288 (MQ=255) ttACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGAc > 2:32460/1‑289 (MQ=255) gccagccaTGGTGATATTGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGtt > 1:1078250/1‑288 (MQ=255) 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tatTGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGa < 1:1910223/288‑1 (MQ=255) aT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGa > 1:1199193/1‑289 (MQ=255) gACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCt < 2:1199193/289‑1 (MQ=255) 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gAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATAGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCg < 1:724322/289‑1 (MQ=255) aaaaaaTTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATTGAATAATGACGGTTGCGTCATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGGTAAAATGGGCGa > 1:949865/1‑289 (MQ=255) aaaaaTTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGa > 2:1738210/1‑288 (MQ=255) 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cgcgTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGttt > 2:849990/1‑289 (MQ=255) cgcgTACTCGCCCATTACCAGCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATACACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCATCTGTGATGTAAACGTGTTTTATGCCAGATGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATGTATGGGGTCAACCGGTGGTTGTGCTATTGAATAATGACGGTTGCTTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGAGCTTGGCGTGAAAATGGCAGATCCCCGGTTCAAACAAAAAGATCCGTTTAGTTGCTGTGGCGTGGttt > 2:1841934/1‑289 (MQ=255) cgtactcgcccATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTg > 2:371347/9‑288 (MQ=255) 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TATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCAT‑CGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACAGCCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTAAGCAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTTAGCAGCAATTATGAGCTTTACGCAGACATGAGCAATC‑GGGTGA‑TGAGCACGCTGGAAGAGCTAAGCCCCCGCGTCGAGATTTACAGTATTGATGAGGCATTCTGCGATCTGACAGGTGTGCGTAATTGTCGCGATCTGACTGATTTTGGCAGAGAAATTCG > CP042583/1036792‑1037351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |