Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,041,039 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,041,039 | 0 | A | T | 100.0% | 507.4 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,041,040 | 0 | G | C | 100.0% | 503.8 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (105/110); total (105/110) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,041,041 | 0 | C | G | 99.1% | 508.7 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (103/110); minor base T (2/0); total (105/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAA > CP042583/1040763‑1041316 ||| gagTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTAcc < 1:1861398/279‑1 (MQ=255) agtagcttattGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCAGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCa < 2:11548/282‑1 (MQ=255) tACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGATTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTa > 1:1064514/1‑289 (MQ=255) tattGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCTCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTAttttt > 2:426075/1‑289 (MQ=255) 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gtgCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGgcgc < 1:1719037/289‑1 (MQ=255) cGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTgg > 1:718091/1‑288 (MQ=255) cAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCt > 1:1804547/1‑289 (MQ=255) tATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTAc > 1:1127378/1‑99 (MQ=255) gATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACcaca < 1:881686/289‑1 (MQ=255) aTTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCCTCTACCACaa > 1:1906860/1‑286 (MQ=255) ||| TTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAA > CP042583/1040763‑1041316 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |