Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,048,846 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,048,846 | 0 | G | C | 99.6% | 551.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (109/127); total (110/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,048,847 | 0 | C | G | 99.6% | 551.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (109/126); total (110/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,048,848 | 0 | T | A | 99.6% | 559.7 / ‑4.6 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/128); minor base G (1/0); total (110/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCGCTTGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTAGTAGTAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGG > CP042583/1048573‑1049124 ||| aGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGCTGGTGTTGGGGGTAGTCAGGCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGCCGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGACACCACCCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGTGCAATTACGt > 2:822467/1‑289 (MQ=255) aGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGACCTGGATACCACGCAGCGAGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGt > 2:700033/1‑289 (MQ=255) gCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGt < 1:293119/288‑1 (MQ=255) cGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAAc > 1:1370186/1‑289 (MQ=255) 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gcctgccAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGacaa < 1:1117965/288‑1 (MQ=255) gcctgccAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGac < 2:76312/286‑1 (MQ=255) cAATATCTGCCATTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGaa < 1:685519/288‑1 (MQ=255) cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:999852/286‑1 (MQ=255) cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:1916180/286‑1 (MQ=255) cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGaa < 1:1410577/288‑1 (MQ=255) aaTATCGGCCAGTAAACGGCTGGCACCGTAACCCCCGCGTGCAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAt < 2:219430/289‑1 (MQ=255) cAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa < 2:448903/288‑1 (MQ=255) cAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa < 1:394776/288‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATg < 1:1682392/286‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATg < 2:245654/286‑1 (MQ=255) aCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCt < 2:1088769/289‑1 (MQ=255) 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gCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGAGCAATAACCTCGACGTCATTGCGTTGATGCCCCGCGTCGGTCAGGCGCTGGATACCACGCAGCACGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTGGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTACgtgt > 1:851930/1‑289 (MQ=255) gacGTAACCGGCGAGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGtgtg < 2:1921233/286‑1 (MQ=255) aCCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTGTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCGGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGt < 2:1186944/289‑1 (MQ=255) 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cGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAg < 1:502658/289‑1 (MQ=255) aTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:610973/233‑1 (MQ=255) aTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg > 2:610973/1‑233 (MQ=255) 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tGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTgg > 2:1732612/1‑289 (MQ=255) tGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCAGGTGCAGCCTgg > 2:60246/1‑289 (MQ=255) ||| GAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCGCTTGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTAGTAGTAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGG > CP042583/1048573‑1049124 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |