| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 485,051 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 485,051 | 0 | G | C | 99.2% | 563.0 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 485,052 | 0 | C | G | 99.2% | 549.8 / ‑6.4 | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (110/129); total (112/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,053 | 0 | T | A | 98.8% | 548.4 / ‑3.5 | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (110/127); minor base G (1/2); total (112/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
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ttCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACgg < 1:67700/289‑1 (MQ=255) tctgcttttgagtaCGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACggg < 2:750685/277‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCGCCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACggg < 2:288097/289‑1 (MQ=255) 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ttCGTTACATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCA‑GTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 1:1394582/289‑1 (MQ=255) tgcggtAATTTTCCGTTCGGTAGCCCCCCCCAGATCTTCCGGGATGCGCG‑ATTTACAGTTGTATTCTTACTGCCCCCA‑TTGTCTGGGGGCCACTCCGTTATCCCAGCCGCCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 2:1294979/284‑1 (MQ=255) tCGTGAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCA‑TTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGc < 1:1341443/289‑1 (MQ=255) aaTTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCA‑GTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTaa < 1:1120244/289‑1 (MQ=255) ttCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCA‑GTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTttg < 2:1891888/289‑1 (MQ=255) tcaCCGCCC‑CCGGACCTTCGGGAA‑ACGGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCA‑GTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCACGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGTCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGAt < 2:619446/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |