| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,454,808 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,454,808 | 0 | A | T | 99.3% | 686.9 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/147); minor base C (2/0); total (143/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,454,809 | 0 | G | C | 99.7% | 682.9 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (142/148); total (143/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,454,810 | 0 | T | A | 99.7% | 692.7 / ‑5.2 | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (141/148); minor base G (1/0); total (143/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CTGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGAGTTCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACAGTGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACC > CP042583/1454532‑1455088 ||| cTGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATa < 2:742417/289‑1 (MQ=255) tGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATAc > 2:383989/1‑289 (MQ=255) gCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATGTCCGGTATCGGTTTTGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACg < 2:1564325/289‑1 (MQ=255) aCGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACggg < 1:668110/289‑1 (MQ=255) cATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTgg < 2:1115891/288‑1 (MQ=255) cATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTg > 2:1300992/1‑287 (MQ=255) gtTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCcg < 1:869601/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |