| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,455,111 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,455,111 | 0 | A | T | 99.2% | 597.7 / ‑5.1 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/134); minor base C (1/1); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,112 | 0 | G | C | 99.2% | 581.6 / ‑4.6 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (115/133); minor base A (1/1); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,113 | 0 | T | A | 99.2% | 594.8 / ‑5.9 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (115/134); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,114 | 0 | A | T | 99.2% | 591.7 / ‑3.5 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (115/134); minor base C (1/1); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,115 | 0 | G | C | 98.8% | 582.1 / ‑6.2 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (115/133); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,455,116 | 0 | C | G | 99.2% | 588.6 / ‑1.3 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (115/133); minor base . (1/1); total (116/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTAGTAGCG‑TACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCA‑CTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGA > CP042583/1454851‑1455389 |||||| ttCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTACCTACTGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGG‑TACTGTTCGGGTTAGCCGCAt > 2:369126/1‑288 (MQ=255) 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TTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTAGTAGCG‑TACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCA‑CTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGA > CP042583/1454851‑1455389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |