Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,455,549 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,455,549 | 0 | A | T | 100.0% | 531.6 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,455,550 | 0 | G | C | 99.6% | 520.7 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/92); minor base A (1/0); total (129/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,551 | 0 | C | G | 100.0% | 523.0 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (129/92); total (129/92) |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCAGTGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTAGCGTCATGAGTGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGAGCAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAG > CP042583/1455269‑1455830 ||| tccGAACTACTTAGAAAAATGGCCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTGAACTCTGCACA‑GGCAAAAATAACAGGAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACGGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTGAGCAGCTGGCGGCATTTTACATCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCg < 2:1298900/288‑1 (MQ=255) gCCGCACTACTGAAAAAAAGGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCg < 1:1444424/289‑1 (MQ=255) ctcACTCCTGAGAAAAATCGTCCGTCCTGTCTGGGCTACTGTCTTTGACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTCTCTCCCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCCGCATTTTACAGGTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAATCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGCACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTAATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGc < 2:1732098/287‑1 (MQ=255) cgacctactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGc < 2:695524/285‑1 (MQ=255) cGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGc < 1:841760/289‑1 (MQ=255) cGCACTACGGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGc < 2:1389687/289‑1 (MQ=255) cctactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGTGTTAATGTTTTTAAC‑CCGCCCTCTGCAACAATACCAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTGCTCCTCTGGTGTGCAATGCCGTGGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGTATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTAATGTCAGAGTTTTTTCCCAAATGCAAAGCCAAAGTCATCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACGTTGTTATTCCACTGGTTACCGGTTATCTGTCGAACTTCGGCCTg < 2:876386/288‑1 (MQ=255) actactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTg < 1:1774780/289‑1 (MQ=255) tactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCa < 1:1087099/289‑1 (MQ=255) tactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCa < 2:816416/289‑1 (MQ=255) tactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCa < 1:1910519/289‑1 (MQ=255) tactGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACACCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCa < 1:1192139/289‑1 (MQ=255) tactGAAAAAAAGGATCCGGCCCATCTGTGCTAATGTTCTTGACTCTGCACT‑GGCAACCATAACAGCAGCCTTTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCa < 2:735461/289‑1 (MQ=255) ctGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACTTCGGCCTGCAat > 1:237299/1‑289 (MQ=255) ctGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCTGCCTGCAat > 2:308687/1‑289 (MQ=255) tGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCTCAGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTTCGGTCATGTCAGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCgct > 1:1783445/1‑288 (MQ=255) 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TGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACT‑GGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCAGTGCAGCTGGCGGCATTTTACAGCTCGGCGTTAGCGTCATGAGTGAGTTTTTTCCCAAAAGCAAAGCCAAAGTCACCAGTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGAGCAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAG > CP042583/1455269‑1455830 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |