| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 485,258 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 485,258 | 0 | G | C | 100.0% | 486.9 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 485,259 | 0 | C | G | 99.5% | 487.7 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (107/101); minor base A (0/1); total (107/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,260 | 0 | T | A | 98.6% | 487.9 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (107/99); minor base C (0/3); total (107/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGC‑TGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGCCGTGCCA > CP042583/484981‑485539 ||| cgccgagacccgatgtCGCTGTTTAGTGAAATTGCCTGCCGGGACCGCCCGCCAGACCGTCCGGAATGCGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGGGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATgg < 2:847147/276‑1 (MQ=255) acgaAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATggg > 1:686566/1‑287 (MQ=255) cTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATcc < 2:1870096/289‑1 (MQ=255) tgtgTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATCTTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTCCTTCCAATTCCAGCGATTTCAATCGCCCGACATct > 2:17418/1‑287 (MQ=255) 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tcaCCGCCC‑CCGGACCTTCGGGAA‑ACGGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCACGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGTCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGAt < 2:619446/287‑1 (MQ=255) aCCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCG‑AGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGAtt < 2:593610/289‑1 (MQ=255) aatacgcgagTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGt > 1:354627/10‑289 (MQ=255) 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tGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAACG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTTAAATATGCGt > 1:1778758/1‑288 (MQ=255) tAACTTGCTTCAGGTTCCGGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCGGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTGCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTccc < 2:902299/289‑1 (MQ=255) aaCCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAGTCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTccc < 2:1259818/288‑1 (MQ=255) cTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCTGCCCAGGATcc > 2:1565535/1‑289 (MQ=255) cTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGc > 2:380396/1‑288 (MQ=255) cTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGc > 1:823546/1‑288 (MQ=255) ||| CGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGC‑TGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAG‑TTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGCCGTGCCA > CP042583/484981‑485539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |