Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,455,938 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,455,938 | 0 | A | T | 98.8% | 581.8 / ‑3.8 | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,939 | 0 | G | C | 100.0% | 579.2 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (114/132); total (114/132) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,940 | 0 | C | G | 100.0% | 580.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (114/132); total (114/132) |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAG > CP042583/1455667‑1456216 ||| atgTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAacaaacaa < 1:1747882/289‑1 (MQ=255) 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caATTAAGCATCGATGTTAACGGATGTAATTATGGATGTATCCGCAAAATACGAATTGTTTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCATTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCaaa < 2:1048032/289‑1 (MQ=255) ttAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATg < 1:621972/260‑1 (MQ=255) aGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACtggtg > 1:1873244/1‑289 (MQ=255) 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aCTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAg < 1:1704242/288‑1 (MQ=255) ||| ATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAG > CP042583/1455667‑1456216 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |