Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,459,537 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,459,537 | 0 | A | T | 99.2% | 567.9 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (125/117); minor base C (2/0); total (128/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,459,538 | 0 | G | C | 99.6% | 574.2 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/117); minor base A (0/1); total (128/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,459,539 | 0 | T | A | 98.8% | 580.6 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (125/118); minor base C (3/0); total (128/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCGACATGG > CP042583/1459260‑1459816 ||| cgTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCCGTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAAAAACAGt > 2:1225387/1‑288 (MQ=255) ttATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTa < 1:298542/288‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTaca < 1:893089/288‑1 (MQ=255) ggCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGTTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGt < 1:230663/289‑1 (MQ=255) cGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGc < 1:1950932/289‑1 (MQ=255) cGGTATTTCCATGCTTGGCGGGCCGGAAGAAGTTGGTGGTATCCCAGCGGATTACGTCACCCAAAGGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACGGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGCTCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGc < 2:1008874/289‑1 (MQ=255) gTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCaa > 1:518601/1‑289 (MQ=255) gTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 2:1216884/288‑1 (MQ=255) ccATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATaacaac > 1:426266/1‑248 (MQ=255) tGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGCAGTTTCAAAATGCGATGCTCCGGCATTGTTAATTACCAACGTTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGGTTCGGTTCTGCATAGCAGCTACGTAAAACAGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATCCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTACCCCTACCACTTCCACGCCTAAAACACACAAGGTCTAcc > 2:1282954/1‑287 (MQ=255) tGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACa > 2:1566182/1‑288 (MQ=255) cTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGc > 2:1310917/1‑276 (MQ=255) ggCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGGGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTTCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACACCTCACACGCCTAAAAACGGCAAGGTCGACATCAACg > 2:1726906/1‑289 (MQ=255) ggCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCCCGACCACTTACACGCGTAAAAACGGAAACGTCTACATCAACg > 2:1041786/1‑289 (MQ=255) ggCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCAACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACg > 2:780652/1‑289 (MQ=255) agaaTTGGGTGGATTCCCGGTGGATTACGCACCCCAAATGCTGGCGCTAGTGGAAGTTTCACAGTGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAAcc < 2:520574/289‑1 (MQ=255) ggtATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCg < 2:647070/289‑1 (MQ=255) tATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGt > 1:37178/1‑289 (MQ=255) tCCCTGCGGAGTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGc < 1:760175/289‑1 (MQ=255) tGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCTGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGaaa < 1:802870/289‑1 (MQ=255) tGCGGATTACGTCAACCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTACGGCATTTTTAATTTCCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGaaa < 1:1334259/289‑1 (MQ=255) gCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGAC‑AAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAaga > 2:447035/1‑289 (MQ=255) gCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGAT‑GAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACGGGTGCGAAaga > 2:266595/1‑289 (MQ=255) ggATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCAACCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAagag < 1:622780/289‑1 (MQ=255) ttACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGTTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTa < 2:1399890/288‑1 (MQ=255) ttACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTa < 1:985861/288‑1 (MQ=255) tACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTAc > 1:580604/1‑288 (MQ=255) aggtaaCCCAAATGGTGGGGCGGATGGATGGGTAAAAATGCGGTGCTCCGGAATTTTTAATTAACAACGGGAAATGTAGTCACAGTATGCGCAGTTTCGGTTCTGCAGAGAAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCGTATGCCCTGGCGGTGACGGAACAAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTAccc < 2:517405/284‑1 (MQ=255) cGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa > 2:612924/1‑236 (MQ=255) cGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCa < 1:612924/236‑1 (MQ=255) cACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGta < 1:1729471/288‑1 (MQ=255) 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< 1:1844322/242‑1 (MQ=255) gTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATc > 1:1581177/1‑288 (MQ=255) cGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCaaaaa < 2:317009/289‑1 (MQ=255) tttttAATTACCAACGGTCAATTTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCTCAGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCt < 1:1796624/289‑1 (MQ=255) 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TCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTGGCGCGCGATCCGCAACCGAAAGATCCCAAAAAAGCCTTCACCCTGTGGTGGGTCGACTCCAGTAAGCCCGGCATTAAGATTAACCCGCTGCATAAAATCGGCTGGCATATGCTCAGCACCTGCGAAGTCTATCTCGACAACGTGGAGGTTGAAGAGAGCGACATGG > CP042583/1459260‑1459816 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |