| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,463,349 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,463,349 | 0 | A | T | 100.0% | 503.2 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,463,350 | 0 | G | C | 100.0% | 502.9 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (113/100); total (113/100) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,463,351 | 0 | C | G | 99.5% | 502.9 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (113/99); minor base T (0/1); total (113/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GAACGTTATATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGAGCGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTATGCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTAAGTGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGC > CP042583/1463069‑1463625 ||| gAACGTTATATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGAc > 1:1686137/1‑289 (MQ=255) tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGTCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTTTAAACGCATCGGGAAGTGAGCCTAACGCATGTCGGCTGACAAATTTGATGccct > 2:94810/1‑287 (MQ=255) tctcCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGAGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGCTGAAAAATTTGATGCCCTtg > 2:582733/1‑289 (MQ=255) cGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 1:1908496/289‑1 (MQ=255) 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tgtTGCTGAAATCCGACCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGt < 1:1663520/288‑1 (MQ=255) tGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGc < 2:564559/288‑1 (MQ=255) aaaTCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGtt > 2:1032451/1‑289 (MQ=255) aTCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTa > 2:1541797/1‑289 (MQ=255) tACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTTCGGGCGTTGCTGGTAGCGtt > 2:1579939/1‑289 (MQ=255) cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGc > 1:525878/1‑287 (MQ=255) cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCa < 1:321853/288‑1 (MQ=255) cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCa < 1:206603/288‑1 (MQ=255) cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCa < 1:1705186/288‑1 (MQ=255) tGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGCAGGGAGCATAACGCATGTCGGCTGCCAAAATTGATGCCATTGTGGTCGGTCCGGGCCTTGCTGGGTGCGGTTCCGcgcgtg > 2:1118571/1‑284 (MQ=255) tGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCACGTCGGATTACAAATTTGATGCCATTGGGGGCGGAGCGGGCGTTGCGGGTCGCGTCGCCGCACTgg > 2:1193866/1‑289 (MQ=255) gggATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTc > 1:1073398/1‑289 (MQ=255) 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atatGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTgg < 1:1571698/286‑1 (MQ=255) tGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATTTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCCCTGGTCCTGGCCAGAACCGGGCTGGAttg > 2:1951814/1‑285 (MQ=255) ggTTGGCGGCAACGGCGCATAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGt > 1:91585/1‑286 (MQ=255) 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GAACGTTATATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGC‑GATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGAGCGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTATGCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTAAGTGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGC > CP042583/1463069‑1463625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |