| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,473,786 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,473,786 | 0 | A | T | 99.6% | 592.3 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,473,787 | 0 | C | G | 99.6% | 588.7 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (127/119); minor base T (1/0); total (128/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,473,788 | 0 | T | A | 99.6% | 593.0 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/118); minor base G (0/1); total (128/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATG‑‑GTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAGACATAACAATTACAGAAGGAGTAACTTTCAT > CP042583/1473510‑1474063 ||| aagcgatttCCTTGGGCGATTGCCTGCGACCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAAGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGc < 2:832740/283‑1 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |