Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 487,216 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 487,216 | 0 | A | T | 99.1% | 504.3 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (129/82); minor base G (0/2); total (129/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 487,217 | 0 | G | C | 99.5% | 501.8 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (129/83); total (129/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 487,218 | 0 | T | A | 99.5% | 504.5 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/84); minor base C (1/0); total (129/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
ACTAGCCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGAGTGGAAGCTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCACTTTTCCA > CP042583/486949‑487493 ||| acttcgcTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCg > 1:1198210/7‑288 (MQ=255) gcTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCgg > 1:988314/2‑289 (MQ=255) gcTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGGACTGGTGGCCGCATCgg > 2:1684759/2‑289 (MQ=255) tGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCggg > 1:415008/1‑288 (MQ=255) 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cGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGACAAGCTAAAAGCTGGTGaa > 1:1763087/1‑289 (MQ=255) cGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGaa > 1:282743/1‑289 (MQ=255) ccacGC‑CCGCGCCCACGAATTGCGTGGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTGCCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGaa < 2:1451553/289‑1 (MQ=255) 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ggATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTcgc < 1:1684759/289‑1 (MQ=255) gATTACTGGCTCGACGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATGCAGCCTGTGAGCGATCGTGCGGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCGGGGCTGTATGCCGGACTGCCCTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTcgc < 2:1913042/288‑1 (MQ=255) aTTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCGTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGAGCATTGTTCTGGAAGCGGGTATTCGCGa > 1:1174781/1‑289 (MQ=255) 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tttGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCaa > 1:1576288/1‑288 (MQ=255) ggCTGTGTGTTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCGGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCGGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCAc < 2:270475/289‑1 (MQ=255) tATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCACTTTTCCa > 1:651448/1‑289 (MQ=255) tATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCGCTGGCAACCACTTTTCCa > 1:964156/1‑289 (MQ=255) ||| ACTAGCCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGAGTGGAAGCTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTCTGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGTGGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCACTTTTCCA > CP042583/486949‑487493 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |