| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,490,467 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,490,467 | 0 | A | T | 99.6% | 602.3 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,490,468 | 0 | G | C | 100.0% | 601.4 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (115/139); total (115/139) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,490,469 | 0 | T | A | 99.6% | 605.7 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/138); minor base C (0/1); total (115/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGCTGAACAACGGATTGGCTGGCAGTTGGAACTGGCTGCAGAAAAAGGGATCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCAGTCATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGAGTGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGAGTTTGGATAGATTATTAGCAGCATGATATGGGTTGAGGATAATGGCCGCTCCGTGCGGCCTTTTGATTAAATAAACCCAAGCAGAGAAAAGAACACATAACCTGCAGCAATACAAATAACCGGCAGGATATACAGACTGAAAAACTGCAGGAAAATAGTATGGTGCG > CP042583/1490187‑1490748 ||| tGCTGAACAACGGATTGGCTGGCAGTTGGAACTGGCTGCAGAAAAAGGGATCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATcc < 1:969534/289‑1 (MQ=255) ttGGCTGGCGGTTGGAACTGGCGGCAGAAAAAGGGTCTGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCCACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCCCTGGGTCCGGGTGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGa < 2:1178948/289‑1 (MQ=255) tggctggcAGTTGGAACTGGCTGCAGAAAAAGGGATCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGAt > 1:1830698/1‑289 (MQ=255) ggAACTGGCTGCAGAAAAAGGGATCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACg > 2:604529/1‑288 (MQ=255) 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tCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTaca < 1:891240/288‑1 (MQ=255) tCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTaca < 1:235010/288‑1 (MQ=255) ggCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCTCACATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTAcc < 1:316928/271‑1 (MQ=255) 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gCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTGAGTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCATGATATGGGTTGATGATAATGGCCGAGCCGGGCGGCCTGGTGAGGAAACAAACCCAAGCAGAGAAAAGAACACATAACCTGCAGCAATACAAATAACCGGCAGGATAAACAGTGAGAAAAACTGCAGGAAAATAGtcagctgc > 2:1064763/1‑282 (MQ=255) cTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCATGATATGGGTTGAGGATAATGGCCGCTCCGTGCGGCCTTTTGATTAAATAAACCCAAGCAGAGAAAAGAACACATAACCTGCAGCAATACAAATAACCGGCAGGATATACAGTGAGAAAAACTGCAGGAAAATAGTATGGTGCg > 2:827818/1‑289 (MQ=255) ||| TGCTGAACAACGGATTGGCTGGCAGTTGGAACTGGCTGCAGAAAAAGGGATCGCTTTCGGCAATATCGACGCCATCGTCGAGCATATTCAGCAGCGTCTGGCCAGTCATCAACCGCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGAGTGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGAGTTTGGATAGATTATTAGCAGCATGATATGGGTTGAGGATAATGGCCGCTCCGTGCGGCCTTTTGATTAAATAAACCCAAGCAGAGAAAAGAACACATAACCTGCAGCAATACAAATAACCGGCAGGATATACAGACTGAAAAACTGCAGGAAAATAGTATGGTGCG > CP042583/1490187‑1490748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |