Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,490,581 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,490,581 | 0 | A | T | 99.6% | 577.8 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (118/125); total (120/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,490,582 | 0 | G | C | 99.6% | 575.4 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/124); minor base A (0/1); total (120/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,490,583 | 0 | T | A | 100.0% | 584.4 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (120/125); total (120/125) |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGAGTGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGAGTTTGGATAGATTATTAGCAGCATGATATGGGTTGAGGATAATGGCCGCTCCGTGCGGCCTTTTGATTAAATAAACCCAAGCAGAGAAAAGAACACATAACCTGCAGCAATACAAATAACCGGCAGGATATACAGACTGAAAAACTGCAGGAAAATAGTATGGTGCGGAACAACAATACGGGACTCAATTTGTTCACGCGTTAGCCCCTCTTCCCCTTTGGCTTTTTCCAGAATGAGTTGATCTTCAACACCTTCCCGCAAGAAGCGCGCCTGGCGA > CP042583/1490301‑1490858 ||| ggatgtgactgtGTTGCACTGTGATTAATGGTCCGGAACCTGTGAACTGAGTCAGAATGTCCCGTACGTCTTCGACCCGGTGTGCAGTGGGGGTAACCGGAGGAGCAACCTGGCGATGTTACCTGTGAATACTGAGCAGCCGCCACATATCTAGGCCTGCTATCAGTCAGGATCCCCGCTACCTGCCGGTTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTGAAATCGTGCAATGGTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGAt < 2:1702890/278‑1 (MQ=255) gcggCCTTCTCGGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGGGCCCTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGAt < 2:61545/286‑1 (MQ=255) gCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGAt < 2:645204/289‑1 (MQ=255) gCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGAt < 1:561929/289‑1 (MQ=255) gCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGAt < 1:1944278/289‑1 (MQ=255) gCAGCCTTCTCGGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGAt < 2:447604/289‑1 (MQ=255) gCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGTCAGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGa > 1:1105587/1‑289 (MQ=255) 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GCAGCCTTCTCTGTTGCACGGCGATTTATGGTCCGGCAACTGTGCACTGGGTCCGGATGGCCCGTACATTTTCGACCCGGCCTGCTACTGGGGTGACCGAGAGTGCGACCTGGCGATGTTACCGCTGCATACTGAACAGCCGCCACAAATCTATGACGGCTATCAGAGTGTATCCCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGAGTTTGGATAGATTATTAGCAGCATGATATGGGTTGAGGATAATGGCCGCTCCGTGCGGCCTTTTGATTAAATAAACCCAAGCAGAGAAAAGAACACATAACCTGCAGCAATACAAATAACCGGCAGGATATACAGACTGAAAAACTGCAGGAAAATAGTATGGTGCGGAACAACAATACGGGACTCAATTTGTTCACGCGTTAGCCCCTCTTCCCCTTTGGCTTTTTCCAGAATGAGTTGATCTTCAACACCTTCCCGCAAGAAGCGCGCCTGGCGA > CP042583/1490301‑1490858 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |