| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,494,964 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,494,964 | 0 | A | T | 100.0% | 110.2 / NA | 48 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (28/20); total (28/20) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,965 | 0 | C | G | 100.0% | 108.5 / NA | 48 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (28/20); total (28/20) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,494,966 | 0 | T | A | 100.0% | 110.6 / NA | 48 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (28/20); total (28/20) | |||||||||||
ACCTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTACTGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTACTTTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTACTTATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACATCTCCCGCCTCATATTGTTAACAAAATTATTATCTCATTTAAATCTAAGTCATTTACAATATAAGTTTAAGAGCGACGCCACAGGATGAACTATCAAAAATAGCTCATCATGATTAGCAAAACTTAACCATTTTAAAATAAATAAACAATTAAAG > CP042583/1494687‑1495237 ||| accTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATaaagaa > 1:486651/1‑289 (MQ=255) 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attaattattaCTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCct < 2:1490365/201‑1 (MQ=255) attaattattaCTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCct > 1:1490365/1‑201 (MQ=255) aaCCTTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACAtctc < 2:686609/261‑1 (MQ=255) 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tGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTAc > 2:968439/1‑228 (MQ=255) tCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAagtgagt < 2:1569876/150‑1 (MQ=255) tCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAagtgagt > 1:1569876/1‑150 (MQ=255) tCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTTGAGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTTGATTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTTGATATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACATCTCCCGCCTCATATTGTTAACa < 1:50094/273‑1 (MQ=255) 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ACCTGTTTTTTATACTGATCAAATTGGTCATTTTTTCTGGGCGAAATACAGAAGTGACATCCATTCCAATAAAATCTTTATTTATACCTCTTATCCGAATTTCACTACCATAAAGATTATTAATTATTACTCTATATTTAACATTGTCCTGCAGATATGTATCAAAACTAAGTGCTGGCGCTCCTGGCTTACTGGCATCATAGTTAATGTTAGACATATAGGCAATCATATAATTAAAGTTACTTTCTGCTATTTCATCGCAGTCACATTGACCCGTACTTATAAAGAAAGTGAGTGCTGTCATAGTAGACTGCAGCCTTTCTTTAAAAGAGTCGAAAGCCAGGCTTTTAATATTTAAATCACCATAATTACTCTGTATTAAGTTTGTAGAAAACATCTCCCGCCTCATATTGTTAACAAAATTATTATCTCATTTAAATCTAAGTCATTTACAATATAAGTTTAAGAGCGACGCCACAGGATGAACTATCAAAAATAGCTCATCATGATTAGCAAAACTTAACCATTTTAAAATAAATAAACAATTAAAG > CP042583/1494687‑1495237 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |