Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,502,989 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,502,989 | 0 | G | C | 99.6% | 543.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,502,990 | 0 | C | G | 99.6% | 536.0 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (126/103); total (127/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,502,991 | 0 | T | A | 100.0% | 547.8 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (127/104); total (127/104) |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAAGC‑TCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTT > CP042583/1502711‑1503270 |||| gatgttatgacccccACCTAACCAGTTTGCCCCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGGCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCa < 2:533892/275‑1 (MQ=255) 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CCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAAGC‑TCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTT > CP042583/1502711‑1503270 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |