Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,504,040 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,504,040 | 0 | G | C | 99.1% | 744.9 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,504,041 | 0 | C | G | 99.7% | 750.7 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (148/170); total (149/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,504,042 | 0 | T | A | 99.7% | 760.4 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (148/171); total (149/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGAGCTAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGTGAACGAAACGGCTCCGCTTTCAGAGGATTCCTGTATGACGTTTTA > CP042583/1503761‑1504320 ||| tctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGttt > 1:999001/1‑288 (MQ=255) aTTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCaa < 1:1555172/289‑1 (MQ=255) cGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACTGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACTATCCCGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCTCGAGCAGGGATCATGCGCACATCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTtg > 2:1788628/1‑289 (MQ=255) gggCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCGGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAATTAGGCTTCTGCTTTACCATCCAGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCTCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTtgt > 2:448653/1‑289 (MQ=255) tacgggAAGTTAATTAAGAACGCCGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCGGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTgcg < 2:821791/284‑1 (MQ=255) cgcgAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCACGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTGCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGcc < 1:955397/289‑1 (MQ=255) aCTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTACGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATAAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCTGGCTGTAGGTCTGGCAAGTACCCCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGAAGAATGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCCACCGGCTAACGCCtttttg > 2:1417650/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |