Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 489,806 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 489,806 | 0 | A | T | 99.0% | 486.8 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (81/126); minor base C (1/1); total (84/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,807 | 0 | G | C | 99.0% | 470.8 / ‑6.2 | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (82/125); minor base T (1/1); total (84/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,808 | 0 | C | G | 99.5% | 479.8 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (83/127); total (84/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAA‑TGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGAT > CP042583/489526‑490087 ||| cTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTg > 1:242436/1‑289 (MQ=255) cTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTg > 1:1869478/1‑289 (MQ=255) ttACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTggc > 2:718239/1‑289 (MQ=255) aCCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGGTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCCCACCGCGACCCGCTCGCTCAGCAGCACTTCTTTGCCGATTATGGCGTCACGACCACGCACCTTCTGCCGTCGATGCTgtcg > 2:1447777/1‑288 (MQ=255) 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cACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAA‑TGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCg > 2:626033/1‑157 (MQ=255) cACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAA‑TGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGt > 1:1156278/1‑289 (MQ=255) ttGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAA‑TGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGa > 1:1431032/1‑289 (MQ=255) ||| CTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAA‑TGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGAT > CP042583/489526‑490087 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |